Андрей Петрович Прокопенко окончил Тихоокеанское высшее военно-морское училище имени С.О. Макарова по специальности «Радиотехническое вооружение подводных лодок».

После окончания училища (1979 - 1996 гг.) А.П. Прокопенко проходил военную службу на атомных подводных лодках ВМФ СССР и Российской Федерации, занимал высокие командные должности.

Выйдя в запас (1997 - 2016 гг.), работал на руководящих постах в компаниях ОАО «НК «Лукойл», ОАО «Роснефтьбукнкер», АО «Усть-Луга Ойл», ответственных за вопросы экономической и транспортной безопасности.

С ноября 2016 г Андрей Петрович исполняет обязанности проректора по безопасности образовательного процесса Санкт-Петербургского государственного морского технического университета.

Достижения А.П. Прокопенко отмечены государственными и ведомственными наградами.